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VeriFi Library Amplification Mix

제품 소개

VeriFi Library Amplification Mix는 NGS library 증폭 워크플로우와 까다로운 PCR에 이상적입니다.
강력하고 견고한 proofreading enzyme, 크게 감소된 GC-dependent bias, AptaLock™ hot start technology를 결합한 이 제품은 어떠한 타겟이든 정밀한 PCR을 가능하게 합니다.

GC bias를 줄인 NGS library의 증폭을 위해 특수하게 설계된 교정용 proofreading Pfu polymerase가 포함되어 있습니다.
이 최신 PCR mix는 시장을 선도하는 성능을 제공하여 우수한 품질의 데이터 세트를 획득할 수 있습니다.
증폭된 라이브러리는 염기서열 분석 전에 NGSBIO Library Quant Kit Blue for Illumina®를 사용하여 쉽게 정량화할 수 있습니다.

제품 특징

•낮은 GC bias, 높은 GC/AT 표적에 이상적
•우수한 데이터 품질을 위한 더 많은 판독
•최대 감도 및 특이도를 위한 AptaLock hot start technology
•Taq DNA 중합효소보다 100배 더 높은 충실도
•실온에서 실험조건 설정 가능
•최소한의 피펫팅을 위한 2x ready mix

Applications

• NGS library amplification
• Whole Genome Sequencing
• RNA Seq
• Multiplex and high throughput PCR
• GC/AT-rich target sequencing

Figure 1. The higher number of unique reads per dataset
The number of uniquely mapped reads for three microbial genomes with different average GC content (E. coli ~50% GC, S. aureus ~30% GC, and S. griseus ~70% GC) is shown as a percentage total reads in four sequencing datasets. Datasets were generated using Illumina® sequencing in a blind experiment where all three genome libraries were amplified with different proofreading polymerases, VeriFi™ Libary Amplification Mix (purple), KAPA HiFi HotStart Library Amplification Kit (green), NEBNext® Ultra™ II Q5® Master Mix (orange), and Takara SeqAmp™ DNA Polymerase (blue). NGS library amplification with VeriFi™ Libary Amplification Mix leads to more unique reads per dataset after read deduplication compared to leading competitors.

Figure 2. Reduced GC bias of VeriFi™ Library Amplification Mix
Quantification of synthetic 1 kb sequences with different GC content, 30% GC (grey), 50% GC (purple), and 70% GC (blue). Amplification curves are shown on the left panel and melt peaks are on the right panel. Serial dilutions of each template were used in a reaction volume of 20 µL. Mixes tested are A) VeriFi™ Library Amplification Mix, B) KAPA HiFi HotStart Library Amplification Kit, C) NEBNext® Ultra™ II Q5® Master Mix, D) repliQa HiFi ToughMix (Quantabio). Each mix was run under cycling conditions recommended by the manufacturer. VeriFi™ Library Amplification Mix consistently amplifies templates across a broad range of GC content and over a wide range of concentrations with much less bias than competitors.

Figure 3. The number of uniquely mapped reads for three microbial genomes with different average GC content (E. coli ~50% GC, S. aureus ~30% GC, and S. griseus ~70% GC) is shown as a percentage total reads in four sequencing datasets. Datasets were generated using Illumina® sequencing in a blind experiment where all three genome libraries were amplified with different proofreading polymerases, VeriFi™ Library Amplification Mix (purple), KAPA HiFi HotStart Library Amplification Kit (green), NEBNext® Ultra™ II Q5® Master Mix (orange), and Takara SeqAmp™ DNA Polymerase (blue). NGS library amplification with VeriFi™ Library Amplification Mix leads to more unique reads per dataset after read deduplication compared to leading competitors.

References

Chen, Y.C., Liu, T., Yu, C.H., Chiang, T.Y., Hwang, C.C.,  Effects of GC Bias in Next-Generation-Sequencing Data on De Novo Genome Assembly. PLOS ONE 8(4): e62856. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0062856

Sims, D., Sudbery, I., Ilott, N. et al. Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses. Nat Rev Genet 15, 121–132 (2014). https://doi.org/10.1038/nrg3642

FAQ

VeriFi Library Amplification Mix로 multiplex PCR을 수행할 수 있나요?
예. 대부분의 멀티플렉스 실험에는 VeriFi Hot Start Polymerase & Mixes (PB10.45-PB10.47)를 사용하는 것이 좋습니다.
그러나 특히 멀티플렉스 타깃 중 하나 이상이 GC가 많거나, 반복적인 시퀀스 영역을 포함하는 경우 VeriFi Library Amplification Mix도 이러한 목적에 매우 적합합니다.

bisulfite-treated DNA의 증폭이나 메틸화 연구에 VeriFi Library Amplification Mix를 사용할 수 있습니까?
아니요. Pfu polymerase는 돌연변이 유발 후 uracil능 포함하는 표적만 증폭할 수 있으므로 PCR 충실도가 저하됩니다.

라이브러리 증폭이 아닌 표준 PCR에 VeriFi Library Amplification Mix를 사용할 수 있나요?
예, 제품 설명서의 관련 지침을 따르십시오.
VeriFi Library Amplification Mix는 표준 3단계 또는 2단계 사이클링 프로그램에서 사용할 수 있으며 특히 GC 함량이 매우 높거나 매우 낮은 타깃을 증폭하는 데 적합합니다.

단일 세포 NGS 실험에 VeriFi Library Amplification Mix를 사용할 수 있나요?
예. VeriFi Library Amplification Mix는 모든 유형의 DNA sequencing library 기반 증폭에 사용할 수 있습니다.

VeriFi Library Amplification Mix를 사용하여 adaptor ligation과 library amplification사이에 정제 단계를 포함해야 하나요?
예. 어댑터 연결 및 크기 선택 후 정제 단계를 포함할 것을 권장합니다.
이렇게 하면 잠재적인 버퍼 비호환성을 제거하고 library PCR의 증폭 중에 연결되지 않은 어댑터가 증폭되지 않도록 할 수 있습니다.

GC 함량이 높은 타겟을 증폭하는 데 어려움을 겪고 있는데 어떻게 해야 하나요?
denaturation 온도를 98~100°C로 높이고 extension 시간을 늘리십시오.

증폭된 라이브러리의 품질이 좋지 않은데 어떻게 개선할 수 있나요?
•denaturation온도를 높여 annealing온도와 extension 시간을 최적화합니다.
•반응에서 프라이머와 템플릿의 양을 최적화합니다.
•Template 등 반응구성물이 고품질인지 확인합니다.

VeriFi Library Amplification Mix로 증폭할 수 있는 최대 길이는 얼마입니까?
GC-rich region이 포함된 12kb 단편을 성공적으로 증폭했습니다. 더 긴 표적도 성공적으로 시도할 수 있습니다.

VeriFi Library Amplification Mix로 성공적인 라이브러리 증폭을 위해 사용할 수 있는 최소 템플릿 양은 얼마입니까?
NGS 라이브러리 증폭에는 10ng 미만의 템플릿을 사용하지 마십시오.
고품질 증폭 라이브러리를 얻기 위한 핵심 요소는 사용되는 PCR 사이클 수를 제한하는 것입니다.
더 많은 수의 사이클을 사용하면 PCR로 인한 오류와 편향이 발생할 가능성이 커집니다.

어떤 NGS 시퀀싱 플랫폼에 VeriFi Library Amplification Mix를 사용할 수 있나요?
VeriFi Library Amplification Mix는 P5 and P7 Illumina® primer를 사용하는 Illumina® 시퀀싱 플랫폼에서 광범위하게 테스트 및 검증되었습니다.
이 믹스는 다른 시퀀싱 플랫폼(예: Pac Bio 및 Oxford Nanopore Technologies)에서 사용하기 위한 다른 어댑터 서열을 가진 라이브러리 증폭에서도 동일하게 잘 작동해야 하지만, 테스트가 필요합니다.

주문정보

Cat. No. 품명 규격 제조사 비고
PB72.10-01 2x VeriFi Library Amplification Mix 50 x 50 μL Reactions PCRbiosystems 1 x 1.25 mL
PB72.10-05 2x VeriFi Library Amplification Mix 250 x 50 μL Reactions PCRbiosystems 5 x 1.25 mL

Document

제품 자료 VeriFi-Library-Amplification-Mix-2023.pdf Upload date: 2023.04.21
제품 매뉴얼 PB72.10-VeriFi-Library-Amplification-Mix-Manual.pdf Upload date: 2023.04.21
제품 MSDS PB72.10-MSDS-v1.0.pdf Upload date: 2023.04.21