Project Description

Clarity™ Digital PCR

제품 소개

Clarity™는 진보된 3세대 PCR인 Digital PCR장비입니다.
2세대 기술인 Real-time PCR이 가졌던 한계를 보완하여, 기준물질 없이 샘플 자체만으로 절대정량이 가능하고 낮은 copy수의 gene을 민감하고 재현성 있게 검출할 수 있습니다.
Clarity™는 Droplet 방식의 호환성과 간편성 그리고 Chip 방식의 안정성과 신속성을 합친 장치로, 현존하는 Digital PCR 중 가장 쉽고 빠른 분석이 가능하고, 시간당 throughput이 가장 우수합니다. 또한 대부분의 증폭시약 및 증폭기기와 호환성이 높은 open system이기 때문에 별도의 비용이 발생하지 않습니다.
10,000여개 (Plus- 40,000)의 parititon으로 구성된 nano-chip이 들어 있는 8-strip tube에 반응액을 넣고 PCR 기기에 넣어 증폭한 후에 형광 신호를 감지하여 목표 유전자의 수를 couting하는 방식으로 정량이 이루어집니다. 0.01%의 목표 유전자만 있어도 감지가 가능하기 때문에 높은 민감도가 필요한 실험에 더욱 적합합니다.
현재 간단한 진단검사는 Digital PCR 기반의 시험으로 대체하는 추세가 확산되는 등 활용도가 점점 더 높아질 것으로 예상됩니다.

제품 특징

•10,000 partitioning chip-in-a tube (Plus- 40,000)
•각각의 유전자가 Chip 이라는 물리적 공간에 갇힌 Closed-system으로 교차오염의 위험이 적고 결과 회수율이 100%에 가까워안정적이고 재현성 높은 데이터 획득 가능
•조작이 매우 쉽고 간단하여 초보자도 사용 가능
•4시간 내에 96 reaction의 분석 가능 (현존 digital PCR 기기 중 가장 빠른 처리속도)
•기존의 PCR 기기 및 Real-time PCR용 시약과의 호환 가능
•전체 10,000 (plus-40,000)개 중 1개의 유전자도 detection이 가능한 높은 정확성과 민감도
•한 번 Reading할 때, 총 32개 sample 측정 가능. CCD카메라로 찍어서 계수하는 방식으로 신속히 분석이 완료됨.

Chip-in-a tube
10,000여개의 nano chip이 한 tube 안에 장착되어, 핸들링이 쉽고 교차오염의 위험이 적습니다. 함께 제공되는 Auto-Loader를 이용하여 반응액을 Chip에 넣습니다.

PCR 기기와의 호환
대부분의 PCR 기기와 호환이 가능하므로 기존의 workflow에서 적합하게 대체될 수 있기 때문에 초보자의 접근이 쉽고, 추가 장비의 구매가 불필요합니다.

소프트웨어 분석
Reading이 시작되면 샘플간 intensity를 측정하여 threshold를 조절합니다. Position plot과 Histogram, Scatter Plot 등 이미지 자료가 제공되어 이후 분석과 troubleshooting이 용이합니다.

Table 1. CN analysis of DEFB4 gene with the Clarity™ dPCR system.
​Results are representative of three sets of independent experiments performed in triplicates

Figure 1. Graphical representation of the results obtained in Table 1.
​Error bars denote standard deviations among the mean of three independent experiments performed in triplicates.

Figure 2. Positive Plot of FAM-probed sample using Clarity™ system.

FIgure 3. Histogram and Scatter Plot of the sample used in Figure 2.

제품사양

Description Clarity Clarity Plus
Reaction volume 15 µl 15 µl
Partitions per reaction 10,000 40,000
Partition volume 1.336 nL 0.3 nL
Reaction per strip 8 8
Tube capacity 0.2 ml 0.2 ml
Thermal cycling A deep well thermal cycler for 0.2 ml tubes
with an adjustable ramp rate
A deep well thermal cycler for 0.2 ml tubes
with an adjustable ramp rate
Reader throughput 32 32
Chemistries TaqMan® and SYBR® Green/EvaGreen® TaqMan® and SYBR® Green/EvaGreen®
Detector CCD CMOS
Detection channels 2-colors: FAM™, VIC/HEX™ 6-colors: FAM™, HEX™, ATTO™ 550, Texas Red®, Cy5™, and Cy5.5™
Detection mode Endpoint Endpoint
Light source High power LED High power LED
Number of LED light source 1 2
Reader interface USB and Ethernet USB and Ethernet
AutoLoader Dimensions (W)12 cm x (H)11.5 cm x (D)18 cm, 1 kg (W)12 cm x (H)11.5 cm x (D)18 cm, 1 kg
Sealing Enhance Dimensions (W)18 cm x (H)11 cm x (D)29 cm, 4 kg (W)18 cm x (H)11 cm x (D)29 cm, 4 kg
Reader Dimensions (W)25 cm x (H)42.5 cm x (D)31 cm, 10 kg (W)25 cm x (H)42.5 cm x (D)31 cm, 10 kg

주문정보

​제품번호 품명 규격 제조사 비고
10001 ClarityTM digital PCR system set JNmedsys #11003, #11004 포함
11002 ClarityTM Auto Loader unit
11003 ClarityTM Sealing Enhancer unit
11004 ClarityTM Reader unit
10011 ClarityTM consumables package (96) 96 rxns JNmedsys #12005, #12006, #12007, #12008 포함
12005 Clarity™ Sealing Fluid 30mL
12006 Clarity™ JN Solution (20X) 2 x 50uL
12007 Clarity™ Tube-strip 12/pk
12008 Clarity™ Sample Loading Kit 12/pk

Simple Workflow

관련 논문

•Application of digital PCR with chip-in-a-tube format to analyze Adenomatous polyposis coli (APC) somatic mosaicism
Kahyo T, Iwaizumi M, Yamada H, Tao H, Kurachi K, Sugimura H.
Clin Chim Acta. 2017 Dec;475:91-96. doi: 10.1016/j.cca.2017.10.015. Epub 2017 Oct 18. PDF

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제품 자료 Clarity eBrochure.pdf Download Size: 1.61Mb
제품메뉴얼 Clarity_User_Manual.pdf Download Size: 1.12Mb

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