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Genotyping by sequencing

Overview

GBS (Genotyping by sequencing)는 차세대염기서열분석 방법을 기반으로 하여 저렴한 비용으로 게놈 분석이 가능한 최신의 NGS 분석 기술입니다.
다양한 시료에서 분석이 가능하며, 식물 집단(96 sample / 1 library)을 대상으로 빠르고 효과적으로 분자마커를 개발할 수 있습니다.

GBS library 제작부터 분석까지

유전체 육종을 지원 – 작물별 GBS library 제작부터 시퀀싱, 생물정보분석까지 자체 노하우로 파이프라인 구축
– 벼, 들깨, 콩, 고추, 토마토, 배추, 양배추, 수박, 박, 사과, 배, 포도 등 과수 및 채소 작물에서 GBS library 제작 경험 보유
– 주요 작물들의 유전체, 전사체 기반의 대량 SNP 마커 개발 경험 보유

GBS를 통해 해독된 유전체 정보를 기반으로 genome-wide SNP 마커를 대량으로 발굴하여 다양한 작물에서의 특정 품종 구분용 마커, 원산지 구별 마커, 목적형질 식별용 마커를 빠르게 확보 가능

GBS library 제작 기술 확보

– 제한효소(ApeKI, MspI 등)을 이용하여 고품질의 library를 제작
– 자체 기술을 통해 adapter dimer를 최소화
– DNA fragments의 길이를 170-350bp 정도로 하여 library 제작 조건을 최적화
– 고객의 need에 따라 다양한 제한효소 사용 가능

GBS 분석 파이프라인 구축 

1) GBS에 최적화된 생물정보분석 pipeline을 구축
2) 자체 기술로 Barcode & Adaptor trimming, sequence quality trimming 수행
3) Genome alignment 후, barcode 별 genome coverage 계산 및 검증
4) 각 과정에서 독특한 검증 과정과 노하우로 정확도와 신뢰도가 높은 SNP 마커를 선발

– 품종 구분 마커, 원산지 구분 마커, 목적형질 식별 및 MABC용 마커 개발 가능
– Introgression 영역 탐색, 유전지도(linkage map) 작성 등 가능