Application
Clarity Digital PCR 의 장점 및 특징
Digital PCR
작성일
2021-06-03 11:11
[Digital PCR의 특징]
1. qPCR에 비해 민감도와 정확성이 높습니다.
초기 copy number 가 5,000 copies/µl 이상인 샘플에서는 qPCR 비교적 정확하고 재현성 있는 결과를 보여줄 수 있습니다.
하지만 5,000 copies/µl 이하의 샘플, 특히 1~100 개의 적은 수의 샘플에서는 qPCR 로 정량할 경우, 오차가 심하기 때문에 데이터의 신뢰도가 떨어집니다.
Digital PCR 은 qPCR 에 비해 약 1,000 배 가량 높은 민감도를 가지고 있고, 특히 copy number 가 적은 샘플(1 copy resolution)에서도 높은 정확도를 가집니다.
따라서 기존에 qPCR 을 통해 분석하기 어려웠던 적은 수의 타겟 유전자의 분석에 적합합니다.
또한 한 well 에서 하나의 template 만을 증폭하기 때문에 PCR inhibitor 의영향을 매우 적게 받고, PCR 효율에 의해 생기는 오차가 거의 없습니다.
따라서 반복 실험 없이도 유의한 결과 값을 보장하기 때문에 효율은 높이고, running cost 는 절약할수 있습니다.
2. Standard curve가 필요 없습니다.
기존에 qPCR 을 이용하여 미지 샘플의 정량을 하기 위해서는 표준 샘플이 필요합니다.
매 샘플마다 같은 배열을 가진 표준 샘플이 필요하기 때문에 번거롭고, 제작도 쉽지 않습니다.
하지만 Digital PCR 은 포아송분포(poisson Distribution)에 기인하고 있기 때문에 Reader 를 이용하여 형광신호를 감지하고, positive 와 negative spot 의 수를 세어 자동으로 타겟 유전자의 copy 수를 계산하여 분석해줍니다.
Digital PCR 을 이용하면 RNA 는 cDNA 로 바꾸어 바로 정량이 가능하기 때문에 표준시료나 대조군을 제작할 수있습니다.
3. 간단한 진단검사에 활용이 가능합니다.
기존의 진단검사법인 fluorescence in situ hybridization(FISH) 혹은 silver in situ hybridization(SISH) 등은 복잡하고 많은 비용과 시간을 필요로 하는 방법입니다.
해외에서는 Digital PCR 을 진단검사법의 대체제로 활용하는 논문이 점차 발표되고 있는 추세입니다.
Digital PCR 이 기존의 진단이 검사법을 아직 완전히 대체하지는 않지만, Frontline screening 에 충분히 활용 수 있어, second-line 으로 실행할 FISH 나 SISH 실험의 노동력과 가격을 상당히 절감하는 역할을 할 수 있습니다.
[ jnmedsys Clarity™ digital PCR system의 장점]
Clarity™ Digital PCR은 기존에 시장에 나와있던 Droplet방식과 Chip방식의 장점을 합쳐 최대화한 기기입니다.
1. 현존하는 Digital PCR 중 최단시간에 분석 가능
Nanochip 이 들어있는 PCR tube 에 반응액을 넣어 증폭시키는 아주 간단한 과정으로 96 reaction 을 분석하는데 4 시간이면 충분합니다.
2. Droplet간 교차오염/결합
Droplet 은 서로간의 구획이 나뉘지 않아 서로 합쳐져서 큰 방울을 이루거나, 섞이는 등의 교차오염의 가능성이 높습니다.
또한 평균적으로 30%정도의 Droplet loss 율을 보이는 반면, Clarity™는 chip 을 기반으로 한 방식이기 때문에 교차오염과 결합의 가능성이 매우 낮고 평균 90%이상의 spot 을 얻을 수 있습니다.
3. 손쉬운 핸들링과 높은 재현성
Nano-chip 을 장착한 PCR tube 에 반응액을 넣어 증폭하는 방식으로, 사람의 손을 거치는 과정이 적고, loading > sealing > reading 의 단순한 공정으로 초보자도 손쉽게 조작할수 있습니다.
따라서 personal error 율이 낮아 재현성 높은 데이터를 얻을 수 있습니다.
Equipment
Clarity Plus Digital PCR system 상세보기
Application
• Cell-free nucleic acid analysis
• Quantification reference materials
• Copy number variant analysis
• Bacterial / Viral load quantification
• Next-generation sequencing (NGS) applications
• Minimum Sample Loss
• Fast Turnaround Time
• Ability to design your own assay
• SNP quantification
• Rare variant detections
• Genomic alterations
• Gene expression analysis
• Digital PCR assay customization
1. qPCR에 비해 민감도와 정확성이 높습니다.
초기 copy number 가 5,000 copies/µl 이상인 샘플에서는 qPCR 비교적 정확하고 재현성 있는 결과를 보여줄 수 있습니다.
하지만 5,000 copies/µl 이하의 샘플, 특히 1~100 개의 적은 수의 샘플에서는 qPCR 로 정량할 경우, 오차가 심하기 때문에 데이터의 신뢰도가 떨어집니다.
Digital PCR 은 qPCR 에 비해 약 1,000 배 가량 높은 민감도를 가지고 있고, 특히 copy number 가 적은 샘플(1 copy resolution)에서도 높은 정확도를 가집니다.
따라서 기존에 qPCR 을 통해 분석하기 어려웠던 적은 수의 타겟 유전자의 분석에 적합합니다.
또한 한 well 에서 하나의 template 만을 증폭하기 때문에 PCR inhibitor 의영향을 매우 적게 받고, PCR 효율에 의해 생기는 오차가 거의 없습니다.
따라서 반복 실험 없이도 유의한 결과 값을 보장하기 때문에 효율은 높이고, running cost 는 절약할수 있습니다.
2. Standard curve가 필요 없습니다.
기존에 qPCR 을 이용하여 미지 샘플의 정량을 하기 위해서는 표준 샘플이 필요합니다.
매 샘플마다 같은 배열을 가진 표준 샘플이 필요하기 때문에 번거롭고, 제작도 쉽지 않습니다.
하지만 Digital PCR 은 포아송분포(poisson Distribution)에 기인하고 있기 때문에 Reader 를 이용하여 형광신호를 감지하고, positive 와 negative spot 의 수를 세어 자동으로 타겟 유전자의 copy 수를 계산하여 분석해줍니다.
Digital PCR 을 이용하면 RNA 는 cDNA 로 바꾸어 바로 정량이 가능하기 때문에 표준시료나 대조군을 제작할 수있습니다.
3. 간단한 진단검사에 활용이 가능합니다.
기존의 진단검사법인 fluorescence in situ hybridization(FISH) 혹은 silver in situ hybridization(SISH) 등은 복잡하고 많은 비용과 시간을 필요로 하는 방법입니다.
해외에서는 Digital PCR 을 진단검사법의 대체제로 활용하는 논문이 점차 발표되고 있는 추세입니다.
Digital PCR 이 기존의 진단이 검사법을 아직 완전히 대체하지는 않지만, Frontline screening 에 충분히 활용 수 있어, second-line 으로 실행할 FISH 나 SISH 실험의 노동력과 가격을 상당히 절감하는 역할을 할 수 있습니다.
[ jnmedsys Clarity™ digital PCR system의 장점]
Clarity™ Digital PCR은 기존에 시장에 나와있던 Droplet방식과 Chip방식의 장점을 합쳐 최대화한 기기입니다.
1. 현존하는 Digital PCR 중 최단시간에 분석 가능
Nanochip 이 들어있는 PCR tube 에 반응액을 넣어 증폭시키는 아주 간단한 과정으로 96 reaction 을 분석하는데 4 시간이면 충분합니다.
2. Droplet간 교차오염/결합
Droplet 은 서로간의 구획이 나뉘지 않아 서로 합쳐져서 큰 방울을 이루거나, 섞이는 등의 교차오염의 가능성이 높습니다.
또한 평균적으로 30%정도의 Droplet loss 율을 보이는 반면, Clarity™는 chip 을 기반으로 한 방식이기 때문에 교차오염과 결합의 가능성이 매우 낮고 평균 90%이상의 spot 을 얻을 수 있습니다.
3. 손쉬운 핸들링과 높은 재현성
Nano-chip 을 장착한 PCR tube 에 반응액을 넣어 증폭하는 방식으로, 사람의 손을 거치는 과정이 적고, loading > sealing > reading 의 단순한 공정으로 초보자도 손쉽게 조작할수 있습니다.
따라서 personal error 율이 낮아 재현성 높은 데이터를 얻을 수 있습니다.
Equipment
Clarity Plus Digital PCR system 상세보기
Application
• Cell-free nucleic acid analysis
• Quantification reference materials
• Copy number variant analysis
• Bacterial / Viral load quantification
• Next-generation sequencing (NGS) applications
• Minimum Sample Loss
• Fast Turnaround Time
• Ability to design your own assay
• SNP quantification
• Rare variant detections
• Genomic alterations
• Gene expression analysis
• Digital PCR assay customization
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