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qRT-PCR vs. RT-PCR

qPCR assay
작성일
2021-12-20 14:17
Real-time PCR (qPCR)은 유전자 발현 분석 및 population genotyping 연구에서 여러 질병의 표적유전자의 multiplex detection에 이르기까지 연구자를 위한 광범위한 application과 함께 빠르게 발전하는 분야입니다.
실시간 분석은 크게 두 가지 영역(probe 및 dye-based assay)으로 나누어지며, 두 영역에서 중복되는 응용 분야가 많아 대부분의 경우 더 비싼 dual labelled probes보다 intercalating dye 기술을 사용하는 것이 좋습니다.
hydrolysis probe (TaqMan) 대신 SyGreen과 같은 intercalating dye를 사용하면 증폭 후 melt profile analysis에 추가 이점이 있습니다. 또한 중합 속도에 비해 Taq DNA polymerase의 5’ to 3’ exonuclease의 활성이 더 느리기 때문에 hydrolysis probe보다 cycling이 더 빠르다는 장점도 있습니다.
Probe 기반 기술의 가장 큰 장점은 동일한 튜브에서 여러 개의 amplicons을 검출할 수 있다는 것이며, PCR Biosystems의 범용 probe mixes는 광범위한 probe-based assay에 적합하고 multiplexing 반응 중에 효율성을 잃지 않도록 설계되었습니다.

qRT-PCR Vs. RT-PCR

qRT-PCR은 실시간으로 정량이 가능한 PCR (Real-Time PCR, Quick PCR)이란 뜻으로, template가 DNA 혹은 mRNA일 수 있으며, DNA는 PCR 증폭 과정만, mRNA는 역전사 효소로 cDNA를 합성하는 과정과 PCR로 증폭하는 과정까지 포함됩니다.

1) TaqMan 방법
2개의 primer와 1개의 probe (reporter의 형광이 quencher에 의해 불활성화된 상태로 무색을 띰)로 구성됩니다.
PCR 반응에 의해 probe가 분해되면 reporter가 quencher와 분리되면서 형광을 띠게 됩니다.
2) Dye (예, SYBR) 방법
2개의 primer로 구성되며, PCR 반응에 의해 합성된 DNA에 형광 dye가 결합되면서 형광을 띠게 됩니다.
이러한 실시간 PCR 방법은 PCR cycle이 증가함에 따라 지속적으로 형광물질이 증가하게 되어 증폭된 DNA 양을 매 cycle마다 실시간으로 모니터링이 가능합니다.



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RT-PCR은 Reverse Transcription PCR이란 뜻으로, template가 mRNA이며 cDNA를 합성하는 과정과 PCR를 통해 증폭하는 과정을 합친 과정을 말합니다.
일반적인 PCR 반응은 전체 PCR cycle이 끝나고 마지막에 EtBr 혹은 형광 dye로 염색하여 관찰하기 때문에 end point만 확인한다는 점에서 실시간 모니터링과는 구분됩니다.

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